O seu caso não é fácil, você precisa ter coragem e tomar uma atitude, pensando nas implicações dela. Vai ter que morar sózinho, pagar aluguel, não tirando as condições que seus filhos desfrutariam se estivesse com êles. Em compensação terá mais motivação de lutar pela vida, não só por êles e pela mãe, mas também por você que já se anulou.
Se você continuar infeliz vai se tornar cada vez mais improdutivo e pode acabar ficando doente. As conseqüências disso serão prejudiciais aos seus filhos, que acabarão perdendo muito mais do que se tivessem um pai feliz, motivado, não se sentindo em prisão domiciliar.
O importante é que tenha qualidade no relacionamento com seus filhos e não quantidade. Há pessoas que ficam divididas e vão adiando uma tomada de decisão, procuram apoio psicológico e acabam tomando coragem de se separar. A pessoa sabe quando não há volta, então não adianta postergar, quanto mais adia uma decisão pior fica, pois acumula mais mágoas e ressentimentos, acabando de vez com uma remota esperança, que possa haver, de reatar.
Quando não se está bem no relacionamento, há maior vulnerabilidade de ceder e se iludir com outra pessoa, aí tudo pode ficar muito pior, pois a situação se complica de vez e o entendimento com o/a ex fica mais difícil. O melhor é se separar e ficar só, ficar em paz, resolver as questões advindas da separação, o relacionamento com os filhos, etc.
Para se separar você precisa ter uma relação amistosa com sua ex, pois tem um bebê, que não poderá ausentar-se de casa, isso fará com que sua convivência com êle esteja vinculada com a da mãe, pelo menos por mais algum tempo. O importante é ter contato com êle, não por tanto tempo, mas pelo menos duas vêzes por semana até 4 anos (não permanecer mais de 4 dias ausente), pois é a idade para a criança fixar suas referências de pai e mãe e ter segurança na vida. Com o de 5 anos pode sair e é o melhor a fazer, por ocasião das visitas.
Converse com ela, reconheça e elogie todas as qualidades que ela tenha, enaltecendo-as com sinceridade, dizer que não vai desampará-los e assumir que você é que precisa se separar, que não está bem e não pode continuar assim. Lembre-se que a verdadeira humildade é você pedir perdão quando você tem razão e o outro não reconhece, pois não é o momento dela. Só dessa forma você dará chance da outra pessoa refletir sobre o assunto. Quando a pessoa pede perdão e está errada não é ser humilde e sim cortês, pois tem quase que obrigação de no mínimo faze-lo e reparar seu erro e não comete-lo novamente, senão invalidou o pedido de perdão.
Então quebre as barreiras e faça com que ela não se sinta culpada pela separação, pois precisa estar bem para cuidar dos seus filhos. Dê todas as razões a ela, diga que ela merece alguém melhor do que você, etc...Enfim valorize-a ao máximo, pois dessa forma tudo ficará mais fácil para todos. Coloque seus filhos em primeiro lugar, no momento, depois vá se refazendo, retomando sua auto estima, que tudo acaba se encaixando. Não faça nada com precipitação, mas com calma e firmeza. Converse com algum amigo ou com pessoas que possa contar, se não tiver ninguém busque ajuda profissional, se achar necessário. Boa sorte e coragem.